Тренер из Басконии возглавил команду 5 октября 2022 года. В тот момент «Байер» располагался в зоне вылета, занимая 17-ю позицию в таблице.
В итоге леверкузенская команда завершила сезон-2022/23 на 6-м месте в чемпионате Германии. Также «Байер» дошел до полуфинала Лиги Европы по ходу первого сезона Алонсо, но уступил «Роме» по сумме двух матчей (0:1, 0:0).
В настоящее время команда проводит второй сезон под руководством Алонсо. 14 апреля 2024 года (спустя 557 дней с момента назначения тренера) «Байер» обеспечил себе чемпионский титул в Бундеслиге. Кроме того, в текущем сезоне команда пробилась в финал Кубка Германии, где встретится с «Кайзерслаутерном» 25 мая. «Байер» также остается одним из претендентов на трофей в Лиге Европы. В первом четвертьфинальном матче леверкузенцы одержали победу над «Вест Хэмом» (2:0), ответная игра состоится 18 апреля.